الميكروبيوم الفموي أو الفلورا الفموية (الميكروبات) هو مجتمع معقد من الكائنات الحية الدقيقة التي تعيش في الفم ويشمل حوالي 700 نوع مختلف من البكتيريا بالإضافة إلى الفطريات والفيروسات والطفيليات ويُعتبر الفم ثاني أكثر الأماكن تنوعًا ميكروبيًا في جسم الإنسان بعد الأمعاء وتلعب هذه الميكروبات دورًا حيويًا في الحفاظ على صحة الفم من خلال المساهمة في الهضم الأولي للطعام وإنتاج الفيتامينات والحماية ضد مسببات الأمراض وأي اضطراب في توازن هذا الميكروبيوم يمكن أن يؤدي إلى مشاكل صحية مثل تسوس الأسنان أو أمراض اللثة وحتى تأثيرات على الصحة العامة مثل أمراض القلب والسكري والأبحاث الحديثة تشير إلى أن الميكروبيوم الفموي يمكن أن يكون له تأثيرات بعيدة المدى على الجهاز المناعي والجهاز الهضمي.
